Debido a las actualizaciones o a la instalación o desinstalación de programas pueden quedar en el ordenador paquetes huérfanos, es decir, paquetes que se instalaron para una determinada aplicación pero que ya no se utilizan para nada. Para solucionar esto existe un comando que lista los paquetes huérfanos y te da la opción de eliminarlos.
sudo apt-get autoremove